A preparação para realização de uma endoscopia digestiva deve se observar um período de jejum absoluto (inclusive líquidos) de pelo menos 6 horas. Caso o médico endoscopista identifique durante o exame a presença de alimentos no estômago o exame deve ser interrompido devido ao risco destes alimentos regurgitarem pelo vômito e entrarem nos pulmões causando a aspiração.
O exame é realizado com a administração endovenosa de um sedativo para o melhor conforto do paciente. Por isso é obrigatória a presença de um acompanhante. Após o exame o paciente estará acordado mas com reflexos lentos devendo permanecer o dia sem executar tarefas que exijam atenção e dirigir (carros ou motos).